「正殿」 為面闊三間、十五架檁、中隔天井、迴廊而成院落式組織，為日治大正十三年所建之建築主體。殿內除供奉開臺玄壇元帥聖像外，並供奉印童、劍童、哪吒太子、神農大帝、福德正神、註生娘娘、文昌帝君、國姓爺鄭成功、齊天大聖、馬舍公等神尊。
	「玄壇元帥」 姓趙名朗、玄朗，字公明(又名光明)，商武丁十年（西元前1210年）三月十五日生於終南山下（今陜西省周至縣），自幼聰慧，道根深植，好究兵法，忠君愛國，為人剛正，於周武王11年（西元前1111年）六月六日壯烈殉國，享壽九十九歲，而在今陜西省周至縣趙代村現存有『趙公明陵』一座。 「冥神、瘟神系列的神明」 有關於玄壇爺的傳說起源甚早，最早見於晉干寶所撰的《搜神記》卷五，趙公明（玄壇爺）被視為上帝派往人間督鬼取人命的三將軍之一；而梁朝陶弘景在《真誥》中，則稱他為「上下冢中直氣五方神」；所以，在初期，趙公明是被歸類冥神、瘟神系列的神明。 「護法天神」 隋唐時期，隋文帝封趙公明為「感應將軍」。在元明時期，趙公明逐漸衍變為道教的護法天神。此外，根據《三教源流搜神大全》的記載，趙公明原居終南山修道，玉帝降旨召為「靈霄副元帥」，而後奉天門之命，策役三界，提碘九州，為「直殿大將軍」，後奉旨下界，為張天師守護煉丹爐，授「正一玄壇元帥」；爾後，又因其神通廣大，具有呼風喚雨、治病禳災等大神力，故上天聖號為「高上神霄王府大都督、五方巡察史、二十八宿都總管、上清正一玄壇飛虎金輪執法趙元帥」，也因此台灣人多以「玄壇爺」、「玄壇元帥」稱呼之。 「武財神」 玄壇爺也是第一位中國財神爺，因其為人正直，買賣求財，公能使之宜利和合，故有「正財神」之稱；又因為武將而有「武財神」稱呼之產生。而在明小說《封神榜》中，因管轄有招寶天尊、納珍天尊、招財使者、利市仙官等四位正神，故有「五路財神」、「中五路財神」稱呼之產生。 「開臺玄壇元帥」 南崁五福宮玄壇元帥則是台灣目前最早來到台灣的玄壇元帥，最少已有三百多年的歷史，自古即稱之為「開臺玄壇元帥」、「開台元帥」；而早期更還當醫生，替地方百姓看病治病。因此，「玄壇元帥」不論在中國或是台灣均不分族邑所崇祀，實為少數身兼數職的神紙之一，可謂恩德萬化於民。
	民間說的「太子爺」就是李哪吒，或稱中壇元帥。亦有尊稱為三太子爺、太子爺、哪吒三太子等。民間鑒於哪吒三太子神力高強，尊為「太子爺」來祭奉。凡瘟疫或驅邪消災，都祭拜太子爺，以化難解厄，為民間信仰的守護神。更因其本身是孩童模樣，也成為孩童的保護神。
	「神農大帝」又稱先農、五谷仙帝、藥王、藥仙、藥王大帝、五穀王、五穀大帝、田祖、田主等。神農氏發明耒耜，教民種植五穀的方法；又親嘗百草，來醫治民眾疾病；並樹立市集的規模，互通財貨。所以台灣民眾崇拜尤以農民、藥種商、醫師祀奉神農大帝最為虔敬。
	「國姓爺」是明末的民族英雄鄭成功，福建南安石井鄉人，明朝時賜國姓朱，名成功，後人稱鄭成功。鄭成功攻下荷蘭人佔領下的台灣，並將漢民族文化傳到台灣來，為感念他闢土之功，故立廟奉祭，並尊為開台聖王。民間對他的稱呼還包括延平郡王、國姓公等。
	「文昌帝君」又稱文昌帝、梓潼夫子等。明史禮志：「梓潼帝君，姓張，名亞子，居蜀七曲山（四川省梓潼縣），仕晉戰歿，人為立廟祀之」。元仁宗敕封為「輔元開化文昌司祿宏仁帝君」，簡稱文昌帝君。農曆三月三日為文昌帝君誕辰。每到考季，考生多到廟中祈求好運。
	「註生娘娘」又稱註生媽，本名陳靖姑，五代福建古田縣臨水鄉人，故又稱臨水夫人，是台灣民間最普遍信奉的生育神明，司長生育，保佑孕婦、產婦和幼兒。三月二十日為註生娘娘誕辰，民間習俗在嬰兒出生三天後，準備雞酒、油飯和香燭紙錢，以示還願與感謝之意。
	「馬舍公」即輔順將軍馬殷，宋真君景德年間生於福建省同安縣之馬欄處，宋仁宗時任左翼鎮殿大將軍，討伐蠻洞之猺匪匪徒有功，受宋仁宗皇帝晉封為輔順將軍，後捐驅沙場，功業彪炳。據說馬將軍少年時在軍營中牽馬出身，後升為將軍，因此尊稱為「馬舍公」。別稱舍人公、馬舍公、馬使爺、馬公爺等。
	「齊天大聖」孫悟空出自吳承恩「西遊記」，一般稱呼有美猴王、孫行者，台灣民間則稱為猴仔公、大聖爺。民間崇信其武藝高強，能制服妖魔保佑境內平安，對於不聽話的小孩也具有一套調教的本領，若家中小孩太過頑皮，只要請求大聖爺調教一番，就成為乖寶寶。
	「福德正神」古有后土、土正、社神、社公、土公、土地、土伯等稱呼，台灣民間福佬習稱為「土地公」；客家習稱為「伯公」。於市街、寺廟皆用福德正神；於郊野、墓地則慣用后土。土地公亦為俗信的財神爺，商家例於每月的朔望之翌日做牙祭祀，以為祈財納福之意。
	五福宮「後殿」在日治大正年代重建時為五福宮面闊三間深三進狹長型的建築平面格局之一環，民國六十六年改建為上為觀音殿，下為餐廳。後殿主要供奉觀音佛祖、關聖帝君、天上聖母、善才、龍女、關平、周倉、千里眼、順風耳、十八羅漢（十八羅漢(左側)：長眉尊者、志公尊者、洗耳尊者、勒風尊者、進香尊者、不求尊者、悟道尊者、進經尊者、降龍尊者；十八羅漢(右側)：布袋尊者、梁武尊者、獅子尊者、進果尊者、飛鈸尊者、目蓮尊者、開心尊者、進花尊者、伏虎尊者）等神尊。
	「觀音菩薩」原稱觀世音菩薩，因其有多種現身，視所度對象而不同，又有觀音媽、觀音佛、南海觀世音、大悲菩薩、大慈大悲救苦救難觀世音菩薩、觀音大士、千手觀音、妙善夫人等多種稱呼，民間習稱為「觀音佛祖」。一般寺廟後進為觀音廳或大士殿，主神祀奉觀音菩薩，旁祀十八羅漢。
	「關聖帝君」即是關羽，字雲長，稱為關西夫子或文衡帝君，列為五文昌之一；佛徒以其顯聖玉泉山皈依佛教，稱為護法爺、伽藍神、蓋天古佛；道家以其受命於玉皇大帝，鎮守南天門，稱為三界伏魔大帝、恩主等；其他的稱呼還有關帝爺、關二爺、關老爺、武聖帝君、武聖、聖帝君、關夫子、恩主公等，民間習稱關公。
	「天上聖母」又稱天妃、天后、媽祖、馬祖。又，由莆田分祀者稱湄州媽；由同安分祀者稱銀同媽；由泉州分祀者稱溫陵媽，其他又有太平媽、船頭媽、紅面媽祖、烏面媽祖等，台灣民間習慣稱為「媽祖婆」。中國大陸沿海奉為航海保護神。因媽祖與台灣民眾地緣相近、血緣相連，所以也成為台灣地區的保護神 。
	五福宮「太歲殿」位於後殿一樓，於民國九十二年初新增設。內供奉斗姥元君、值年太歲星君香位等尊神。
	「斗姥元君」又稱紫金妙相元君斗姆委為，先天至陰之神，徵道體、斗姆稟一氣玄元之家應無極生太極，有三目四頭八臂居大梵天宮， 有紫薇天皇北斗七元九子，綜理日月星辰，為北斗眾星之母，有生成人物、煉度鬼神、治理人鬼的法力。
	「太歲」又稱歲神亦稱歲君，是地神中最有權力的年神，統帥百神，有中天子之稱。太歲計有六十位從甲子年的金亦至癸亥年的虞程依六十甲子輪流當值，當值者稱『值年太歲』，民間對祂兩種犯沖稱呼，一是年沖，一是對沖。
	「施主殿」位於五福宮後殿前龍邊左側廂房，為紀念「開基施主」周添福為南崁玄壇廟住持時期，宣道佈教，承述開臺玄壇元帥之跡，由以赫聲濯靈，無不靈驗，故信者奕篤，香煙愈盛，原建之廟宇不能滿足庄民之所需，於是廢除馬舍，擴建廟基，厥功最大，後人感念，設立「福建省泉州府晉江縣施主周諱添福祿位」乙座供奉。
	「開基施主」，福建省泉州府晉江縣人氏，姓周名諱添福，於前清雍乾年間渡海來台，開墾南崁地區，後為南崁玄壇廟住持，宣道佈教，承述開臺玄壇元帥之跡，由以赫聲濯靈，無不靈驗，故信者奕篤，香煙愈盛，原建之廟宇不能滿足庄民之所需，於是年廢除馬舍，擴建廟基，厥功最大，後人感念，設立「福建省泉州府晉江縣施主周諱添福祿位」乙座供奉。
	「地藏王菩薩」，俗姓金名喬覺，出身新羅國王室，廿四歲出家，於唐貞觀年間渡海至九華山修行，帶著名叫諦聽的白犬，渡海至九華山修行，至九十九歲成道。地藏王菩薩發願：地獄不空，誓不成佛；眾生渡盡，方證菩提。
	「大眾老爺」管理孤魂野鬼，也就是民間俗稱統領陰魂的鬼王。
	五福宮後殿內有一個「使者公蛇洞」，洞內目前有三十多條大錦蛇（臺灣南蛇），稱為神蛇，使本廟增添許多神奇色彩。主因為五福宮於大正十三年至十四年(1924~1925)擴建期間，於基地內發現穴中有蛇，信眾們欲撲殺未果。但於落成之日，忽有群蛇集於宮前，當時人皆稱〔神蛇〕，名為〔使者公〕，即為玄壇元帥之部將，眾人皆懼不敢近，後忽不見。宮前有大榕樹，其下有穴，鄉民有人見蛇夜蟄其中，日出村野，不害人畜，惟貪食附近人家雞蛋。昭和八年（1933），大榕樹為風所拔，樹穴暴露，蛇亦他徙。 有關於使者公的傳說一直在鄉里間流傳，根據耆老的說法，當初神蛇常偷食鄉民家的雞蛋，所以鄉民就向玄壇元帥告狀，就會看見神蛇會捲曲身體在地上翻滾，鄉民稱之為玄壇元帥在責罰使者公。此外，據說，當初神蛇會爬滿廟宇屋頂。而現今的神蛇有些為後來於南崁山上所捕，據說，神蛇與一般的錦蛇長的不甚相同，惟已與一般錦蛇雜交，但還是可以看出不同處。
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